最初のrootが使われると思っていたが、最後(2つめ)が使われた。
調べてみると以下の issue があり、v0.17から挙動が変更されていた。当初意図したものではなかったようだが、今後この仕様になるとのこと。
https://github.com/motemen/ghq/issues/239
README には最初の root に clone されると説明されていたので、修正の pull request を送ったところすぐに修正を取り込んでいただけた。
というわけで、README の説明の通り ghq.root が複数定義されている場合は最後のものが clone に使われるので、ghq list に Go の GOPATH のような固有のパスを含めたい場合は ghq get で使ってほしいパスを最後に書くと良い。