以下のページを参考に、ライブ壁紙の設定画面(PreferenceActivity)を作成しました。
http://developer.android.com/resources/samples/CubeLiveWallpaper/AndroidManifest.html
この場合、設定画面の背景が半透明になり、後ろの画面が透けて見えます。
通常の不透明な画面にする方法を探していたのですが、AndroidManifest.xmlの以下の設定を修正するだけでした。
android:theme="@android:style/Theme.Light.WallpaperSettings"
以下のページに記載されている、Androidで提供されているテーマTheme_Blackを使用すれば通常の黒い画面になります。
http://developer.android.com/reference/android/R.style.html
AndroidManfest.xmlに書く場合には、Theme.Blackと「.」で区切るようです。
android:theme="@android:style/Theme.Black"